2023-12-27 前端達人
GitHub 是一個軟件源代碼托管服務平臺，Linux 上使用的大部分工具都可以在上面獲得。
但是由于 GitHub 的服務器在國外，國內訪問經常出現網絡問題導致訪問失敗，尤其是使用 git clone 對 repo 進行克隆的時候，會經常出現因網絡問題而克隆失敗。
Linux 集群服務器的用戶，在比較難實現科學上網的前提下，對大型 repo 克隆的任務顯得尤為困難，而且想使用 gradle build 的話，git clone 似乎是唯一選擇。
既然 git clone 一兩次不成功，那我就想辦法讓他 clone 到成功為止，于是我就寫了一個循環腳本，將它投遞到計算節點上 24h 運行，直到它克隆成功才結束任務。
以克隆 GATK （repo 大小約 300mb）為例，腳本如下：
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=GitClone #任務名稱
#SBATCH --nodelist=litchi-0-1 #計算節點名稱
#SBATCH --partition=WHEEL #使用 WHEEL 用戶組
#SBATCH --nodes=1 #使用計算節點數量
#SBATCH --ntasks=1 #使用 1 個線程
#SBATCH --mail-type=end #任務結束時發送郵件
#SBATCH --mail-user=***@qq.com #郵箱地址
#SBATCH --output=/home/$USER/Slurm_JobLogs/JobLog_%j_%x.log #標準輸出保存路徑
#SBATCH --error=/home/$USER/Slurm_JobLogs/JobLog_%j_%x.err #標準錯誤保存路徑
#------------------------------------------------------------
# PRINT JOB'S INFORMATION
source /home/$USER/.bashrc
threads=$SLURM_NTASKS
echo "## Job:[$SLURM_JOB_NAME]"
echo "## Node:[$SLURM_NODELIST]"
echo "## CPUs:[$SLURM_NTASKS]"
echo "## Mem:[$SLURM_MEM_PER_NODE]"
echo `date`
echo -e $(printf -- "-%.0s" {1..100})"\n" #cut-off-line
#------------------------------------------------------------
# PATH
repo_url="https://github.com/broadinstitute/gatk.git"
repo_name="gatk"
#------------------------------------------------------------
# SHELL
cd /home/$USER/Accessories/Softwares
while true; do #循環執行任務
git clone $repo_url #執行 git clone
if [ $? -eq 0 ]; then #如果以上命令的退出碼等于 0 (任務成功)
echo "Git clone successful!"
break #則退出循環
else #如果命令的退出碼不等于 0 (任務失敗)
echo "Git clone failed:( Retrying..."
rm -rf ./${repo_name} #則刪除這個repo
sleep 1 #睡眠 1 秒緩沖一下繼續循環
fi
done
#------------------------------------------------------------
# JOB ENDS
echo -e $(printf -- "-%.0s" {1..100}) #cut-off-line
echo "## Runtime:[`sacct -j $SLURM_JOB_ID --format=Elapsed --noheader | awk '{print $1}' | sed -n '2p'`]"
這個腳本的路徑為 ~/Scripts/GitClone_GATK.sh
將任務投遞到計算節點運行：
sbatch ~/Scripts/GitClone_GATK.sh
最終，這個任務運行了 40 次，歷時 13h，終于是克隆成功了！
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